「澎湖南方四島國家公園」是臺灣第九座國家公園，也是第二座海洋型國家公園，兼顧生態保育與環境資源，讓這片散落在澎湖海域的國家公園，得以永續發展。澎湖南方四島國家公園以帶狀方式涵蓋了東吉嶼、西吉嶼、東嶼坪嶼及西嶼坪嶼和周邊島礁嶼海域，島上地勢平坦，特殊的玄武岩地質具有成為世界遺產的潛力。陸域總面積約370公頃，約有14.6個大安森林公園這麼大，海域面積約1.3個臺北市大小，全區面積約3萬5,844公頃，以生態資源保育與永續利用為國家公園的設置目標。
澎湖南方四島國家公園的地理位置為潮水交會處，將運用「種原庫」的概念維護核心的珊瑚礁棲地，有助於澎湖海域資源的永續保育，另運用四島的特殊地質、海洋及人文資源，以發展海洋環境教育為願景，讓國人瞭解我國的海洋特色。並以維護自然生態環境與資源為宗旨，促進區域整體發展，呼應世界各國積極對海洋保育的趨勢，與國際接軌。