金門國家公園於民國八十四年成立,臺灣第六座國家公園,第一座規畫於離島的國家公園,也是第一座以維護歷史文物古蹟和紀念戰役為主,兼具自然資源保育功能的國家公園,其範圍分為五區:古寧頭區、太武山區、古崗區、馬山區和烈嶼島區(俗稱小金門),總面積約3,529公頃,約占大小金門四分之一的面積。
古寧頭區位於金門本島西北側,古寧頭戰史館和古寧頭斷崖等戰役紀念區皆位於此處,戰史館入館前兩旁有當時參加戰役的「金門之熊」戰車,內部陳列許多戰時文物,本區另有慈湖特別景觀區,有豐富的鳥類資源,為金門最大的鳥類度冬區,以及南、北山聚落文化。
太武山區位於金門本島中央,此區經過多次戰役,因此留下多處戰役紀念地,如八二三戰史館、經國紀念館和太武山公墓等,古蹟則有瓊林聚落文化、一門三節坊、邱良公墓園和蔡氏祠堂等。
古崗區位於金門本島西南方,古崗湖為金門境內唯一天然湖泊,本區內有因應戰時所開挖的翟山坑道,是一A字型的戰備水道,另有文臺寶塔國家古蹟以及歐厝、珠山和水頭等聚落文化的人文景觀。
馬山區為金門島的東北側,因馬山觀測站而得名,經馬山播音站可進入地下坑道,觀測站與中國的島嶼距離兩公里多,天氣晴朗時,肉眼即可看到中國的角嶼等地。
列嶼島區包括小金門周邊地區,有湖井頭戰史館和九宮(四維)坑道等戰役紀念,區內的陵水湖為小金門最大濕地,具有豐富的生物資源。